Das BIPS ist eines der ältesten Epidemiologie-Institute in Deutschland. Als "Bremer Institut für Präventionsforschung und Sozialmedizin" nahm das BIPS 1981 seine Arbeit unter dem Dach des Vereins zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung in der Freien Hansestadt Bremen e.V. auf. Damit wurden Präventionsforschung und Epidemiologie in Bremen institutionell angesiedelt. In der Bremer Öffentlichkeit wurde das neue Institut schnell bekannt durch die Deutsche Herz-Kreislauf-Präventionsstudie (DHP), die zahlreiche Teilnehmer und Teilnehmerinnen aus der Bevölkerung und prominente Unterstützung aus der Politik hatte. Die gesundheitliche Aufklärung, die von den Aktionen dieser Studie ausging, hat Grundlagen für die Arbeit am BIPS gelegt: Ursachen erforschen, über Risiken aufklären und Maßnahmen entwickeln, die zu einem gesünderen Lebensstil beitragen.

Von 1998 bis 2006 führte die Universität Bremen einen Teil des Instituts als wissenschaftliche Einrichtung am Fachbereich Human- und Gesundheitswissenschaften. Beide Teile arbeiteten weiterhin eng zusammen, bevor sie 2007 dann unter dem Dach der Universität als Zentrale Wissenschaftliche Einrichtung wieder vereint wurden.

Im November 2008 nahm die Leibniz Gemeinschaft das BIPS als assoziiertes Mitglied auf. Im Zuge der Aufnahme als Vollmitglied der Leibniz-Gemeinschaft wurde das Institut zum 1. Januar 2012 aus der Universität ausgegliedert und setzte seine Arbeit als gemeinnützig anerkannte GmbH fort. Seit dem 1. Januar 2013 ist das BIPS Vollmitglied der Leibniz-Gemeinschaft und macht dies auch mit seinem neuen Namen Leibniz-Institut für Präventionsforschung und Epidemiologie - BIPS nach außen sichtbar.