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Unterstützung der Arbeitsgruppe Biotechnologie und molekulare Genetik (Fachbereich 2, Universität Bremen) bei der Methodik zur Analyse von Microarrays im Bereich der Organismen-Charakterisierung

Beschreibung

Das Projekt umfasst die statistische Unterstützung für die Analyse und Bewertung von Microarray Daten. Die in einem Kooperationsvorhaben des Centrums für angewandte Gensensorik der Universität Bremen entwickelten Microarrays ermöglichen die Klassifizierung von Organismen mittels Oligonukleotidsonden. Anwendungsbeispiele dafür sind die Klassifizierung von HCV-Subtypen oder der Nachweis von Bakterienstämmen in Lebensmitteln.
Die Problematik in diesem Vorhaben liegt einerseits in den relativ kleinen Genomen, die zu untersuchen sind; die Anzahl von verfügbaren Gensequenzen, die zur Unterscheidung genutzt werden können, ist beschränkt. Zum anderen stellen auch die verwendeten Microarrays und die erforderlichen Verfahren besondere Anforderungen. Speziell der Einsatz von One-Channel cDNA-Arrays erfordert die Anpassung statistischer Verfahren, die hinsichtlich ihrer Eignung für den Einsatz im beschriebenen Umfeld überprüft werden müssen. Untersucht werden zu diesem Zweck verschiedene Methoden aus dem Bereich des „Preprocessing“, wie Hintergrundkorrektur und Normalisierung der Daten, sowie Methoden zur weiteren Analyse. Dabei wird z.B. auf Verfahren zur Varianzstabilisierung, aus der Regressions- und Varianzanalyse sowie insbesondere auf robuste nichtparametrische Verfahren zurückgegriffen.

Förderzeitraum

Beginn:   März 2003
Ende:   Juni 2003

Förderer

  • Zentrum für angewandte Gensensorik, Universität Bremen

Kontaktperson

Prof. Dr. rer. nat. Iris Pigeot

Kooperationspartner

  • Prof. Dr. Dietmar Blohm (Zentrum für angewandte Gensensorik, Universität Bremen)