Im Forschungsdatenzentrum am BIPS können Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler die von ihnen über das BIPS Research Portal beantragten Forschungsdaten in einem geschützten Raum analysieren. Dies kann sowohl auf Wunsch der Forschenden erfolgen als auch durch die speziellen Datenschutz- und Nutzungsrichtlinien einiger Forschungsdaten geboten sein, die eine Auswertung außerhalb des BIPS nicht erlauben. Die Bereitstellung der Forschungsdaten erfolgt über spezielle Server. Der Raum ist mit leistungsstarken PCs ausgestattet, sodass auch die Analyse großer Datensätze effizient möglich ist. Verschiedene Statistikprogramme wie SAS und R sind für die Datenanalyse verfügbar.

Zum Beispiel können die IDEFICS/I.Family-Kohortendaten im Forschungsdatenzentrum untersucht werden. Unter Einhaltung der datenschutzrechtlichen Bestimmungen und der vorhandenen Genehmigungen besteht für Gastwissenschaftlerinnen und Gastwissenschaftler auch die Möglichkeit, die pharmakoepidemiologische Forschungsdatenbank (GePaRD) zu nutzen, da ein Fernzugriff auf die Datenbank nicht erlaubt ist.